| 1 | Giriş. Biyoenformatiğin tanımı, Biyoenformatiğin önemi. |
| 2 | Moleküler biyolojiye genel bir bakış. Hücreler, kromozomlar, DNA, RNA, Aminoasitler, Proteinler, Genome, Transcriptome, Proteome. |
| 3 | Yazılım aracı olarak Python/Perl, kurulumu ve proglamlanması. |
| 4 | İki sekansın hizalanması. Sekansların birbirleriyle ilişkileri. |
| 5 | Hizalama yöntemleri (Görsel, Brute Force, Dinamik programlama, Kelime temelli). Hizalama yöntemleri (Görsel, Brute Force, Dinamik programlama, Kelime temelli). |
| 6 | Dot plot, Küresel hizalama, Yöresel hizalama. |
| 7 | Skor matrisleri, Hizalamanın ölçüsü. |
| 8 | Ara Sınav |
| 9 | Biyoenformatikte veritabanı sistemleri, web teknolojileri ve R |
| 10 | Protein yapısının ve işlev devamının tahmini, karşılaştırmalı genomikler |
| 11 | Çoklu sekans hizalaması. Küresel çoklu sekans hizalaması, progressive küresel hizalaması, iteratif yöntemler. Yöresel korunmuş örüntülere dayalı küresel çoklu hizalama |
| 12 | Yöresel çoklu hizalama, profil analizi, blok analizi. Örüntü arama ya da istatistiksel yöntemler. |
| 13 | Flogenetik ağaç yapısı, karakter tabanlı filogeniler. DNA mikrodizilerin analizi |
| 14 | Final |
