İstanbul Aydın Üniversitesi 18.05.2007 tarihinde, 26526 nolu Resmi Gazetede yayınlanmış 5656 sayılı kanunun 73. nolu ek maddesine göre, Anadolu Eğitim ve Kültür Vakfı (AKEV) tarafından ulusal ve uluslararası düzeyde aranılan nitelikli insan gücünü yetiştirmek amacıyla kurulmuştur. Doğrudan Yükseköğretim Kurulu'na bağlı olarak 2003 yılında Anadolu BİL Meslek Yüksekokulu adıyla kurulan Türkiye'nin ilk vakıf meslek yüksekokuludur. İstanbul Aydın Üniversitesinin kuruluşuyla birlikte, her iki kuruluş da aynı çatı altında birleşerek ön lisans, lisans ve lisansüstü eğitim vermeye başlamıştır. Hem İstanbul Aydın Üniversitesi hem de Anadolu Bil Meslek Yüksek Okulunun temeli, Anadolu Eğitim ve Kültür Vakfına dayanmaktadır (AKEV). 2007 yılında İstanbul Aydın Üniversitesi kuruluşunu tamamlayarak 12 Fakülte, 2 Yüksekokul, 3 Meslek Yüksekokulu ve Lisansüstü Eğitim Enstitüsü programları ile yükseköğrenimde bugünkü yerini almıştır.
Sağlık Bilimleri Fakültesi ise Rektörlüğe bağlı olarak, 10.09.2012 tarihli ve 280407 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulmuştur. İstanbul Aydın Üniversitesi Sağlık Bilimleri Fakültesi Hemşirelik Bölümü 2013-2014 yılında eğitim ve öğretime başlamış ve 2017 yılında ilk mezununu vermiştir.

​